学位
学位
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博士（工学） （ 東京農工大学 ）
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修士（工学） （ 東京農工大学 ）
学歴
学歴
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2000年3月
東京農工大学 工学研究科 物質生物工学専攻 博士後期 修了
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1997年3月
東京農工大学 工学研究科 物質生物工学専攻 博士前期 修了
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1995年3月
東京農工大学 工学部 物質生物工学科 卒業
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1993年3月
小山工業高等専門学校 工業化学科 卒業
経歴
経歴
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2011年4月 -
～ 日本女子大学理学部・非常勤講師
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2002年4月 - 2011年3月
理化学研究所ゲノム科学総合センター・客員研究員
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2008年4月 - 2009年3月
北海道大学
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2008年4月 - 2009年3月
北里大学
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2008年4月 -
～ 中央大学理工学部生命科学科・准教授
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2003年6月 - 2008年3月
北里大学
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2000年4月 - 2003年5月
北里大学
研究キーワード
研究キーワード
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構造生物化学
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生物情報学
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Structured Biochemistry Bioinfomatics
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ホモロジーモデリング法
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核磁気共鳴法
研究分野
研究分野
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ライフサイエンス / 構造生物化学
MISC
MISC
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Method for predicting homology modeling accuracy from amino acid sequence alignment: Power Function
Iwadate M, Kanou K, Terashi G, Umeyama H, Takeda-Shitaka M
Chem Pharm Bull 58 ( 1 ) 1 - 10 2010年1月
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HUMAN FAMSD-BASE: High quality protein structure model database for the human genome using the FAMSD homology modeling method
Kanou K, Hirata H, Iwadate M, Terashi G, Umeyama H, Takeda-Shitaka M
Chem Pharm Bull 58 ( 1 ) 66 - 75 2010年1月
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Bioinformatics based Ligand-Docking and in-silico screening.
Takaya D, Takeda-Shitaka M, Terashi G, Kanou K, Iwadate M, Umeyama H
Chem Pharm Bull 56 ( 5 ) 742 - 744 2008年5月
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fams-ace: A combined method to select the best model after remodeling all server models
Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Daisuke Takaya, Akio Hosoi, Kazuhiro Ohta, Hideaki Umeyama
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 69 ( Suppl8 ) 98 - 107 2007年
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記述言語：英語 出版者・発行元：WILEY-LISS
During Critical Assessment of Protein Structure Prediction (CASP7, Pacific Grove, CA, 2006), fams-ace was entered in the 3D coordinate prediction category as a human expert group. The procedure can be summarized by the following three steps. (1) All the server models were refined and rebuilt utilizing our homology modeling method. (2) Representative structures were selected from each server, according to a model quality evaluation, based on a 3D1D profile score (like Verify3D). (3) The top five models were selected and submitted in the order of the consensus-based score (like 3D-Jury). Fams-ace is a fully automated server and does not require human intervention. In this article, we introduce the methodology of fams-ace and discuss the successes and failures of this approach during CASP7. In addition, we discuss possible improvements for the next CASP
DOI： 10.1002/prot.21785
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FAMS-ACE: Model selection from server results using original threading (3D1D) program and consensus
Mitsuo Iwadate
CASP7 Abstracts 41 - 42 2006年11月
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Human FAMSBASE, protein structural model database, with high frequency update
Mitsuo Iwadate
20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress Abstracts 4P-B-082 2006年6月
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Human FAMSBASE, protein structural model database, with high frequency update
20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress Abstracts 4P-B-082 2006年
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RIEKN FAMSBASE
日本分子生物学会2006フォーラム 分子生物学の未来 要旨集 216 2006年
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Template based and free modeling in CASP7
第7回GSICシンポジウム CASP7:タンパク質立体構造予測法の最先端技巧 P.5 2006年
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FAMS-ACE: Model selection from server results using original threading (3D1D) program and consensus
CASP7 Abstracts 41 - 42 2006年
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Homology Modeling in CASP6 (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) Using CHIMERA and FAMS
Mayuko Takeda-Shitaka
Genome Informatics Poster Abstracts 138 - 139 2005年12月
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High Quality Protein Structure Prediction Server, SKE-FAMSD
Kazuhiko Kanou
Genome Informatics Poster Abstracts 133 - 134 2005年12月
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FAMSBASE of Human, Rat and Mouse Genomes with Model Quality Estimation
Mitsuo Iwadate
Genome Informatics Poster Abstracts 18 - 19 2005年12月
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Protein-protein interaction sites predictionand protein-protein docking by the methods of MD, grid scoring and the pair-wise interaction potential in CAPRI Rounds 3-5
Genki Terashi
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS p.85 2005年8月
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Fully automated protein structure predictions at CASP6 using homology-modeling server SKE-FAMSD
Kazuhiko KANOU
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS p.89 2005年8月
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FAMS Complex: A fully automated homology modeling system for protein comlex structures
Mayuko TAKEDA-SHITAKA
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS p.88 2005年8月
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Protein Structure Prediction in the 6th round of Critical Assessment of Technique for Protein Structure Prediction (CASP6) unig CHIMERA and FAMS
Mayuko TAKEDA-SHITAKA
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS p.86 2005年8月
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FAMS Complex: A fully automated homology modeling system for protein comlex structures
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS 88 2005年
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Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS
M Takeda-Shitaka, G Terashi, D Takaya, K Kanou, M Iwadate, H Umeyama
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 61 ( Suppl 7 ) 122 - 127 2005年
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記述言語：英語 出版者・発行元：WILEY-BLACKWELL
In CASP6, the CHIMERA-group predicted full-atom models of all targets using SKE-CHIMERA, a Web-user interface system for protein structure prediction that allows human intervention at necessary stages; we used a lot of information from our own data and from publicly available data. Using SKE-CHIMERA, we iterated manual step (template selection and alignment by the in-house program CHIMERA) and automatic step (three-dimensional model building by the in-house program FAMS). The official CASP6 assessment showed that CHIMERA-group was one of the most successful predictors in homology modeling, especially for FR/H (Fold Recognition/Homologous). In this article, we introduce the method of CHIMERA-group and discuss its successes and failures in CASP6.
DOI： 10.1002/prot.20728
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Homology Modeling in CASP6 (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) Using CHIMERA and FAMS
Genome Informatics Poster Abstracts 138 - 139 2005年
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Protein Structure Prediction in the 6th round of Critical Assessment of Technique for Protein Structure Prediction (CASP6) unig CHIMERA and FAMS
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS 86 2005年
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Protein-protein interaction sites predictionand protein-protein docking by the methods of MD, grid scoring and the pair-wise interaction potential in CAPRI Rounds 3-5
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS 85 2005年
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Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS
M Takeda-Shitaka, G Terashi, D Takaya, K Kanou, M Iwadate, H Umeyama
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 61 122 - 127 2005年
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記述言語：英語 出版者・発行元：WILEY-BLACKWELL
In CASP6, the CHIMERA-group predicted full-atom models of all targets using SKE-CHIMERA, a Web-user interface system for protein structure prediction that allows human intervention at necessary stages; we used a lot of information from our own data and from publicly available data. Using SKE-CHIMERA, we iterated manual step (template selection and alignment by the in-house program CHIMERA) and automatic step (three-dimensional model building by the in-house program FAMS). The official CASP6 assessment showed that CHIMERA-group was one of the most successful predictors in homology modeling, especially for FR/H (Fold Recognition/Homologous). In this article, we introduce the method of CHIMERA-group and discuss its successes and failures in CASP6.
DOI： 10.1002/prot.20728
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High Quality Protein Structure Prediction Server, SKE-FAMSD
Genome Informatics Poster Abstracts 133 - 134 2005年
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FAMSBASE of Human, Rat and Mouse Genomes with Model Quality Estimation
Genome Informatics Poster Abstracts 18 - 19 2005年
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Fully automated protein structure predictions at CASP6 using homology-modeling server SKE-FAMSD
25th ANNIVERSARY INTERNATIONAL CBI CONFERENCE YEAR 2005 PROCEEDINGS 89 2005年
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Searching protein-protein interaction sites and protein-protein doching with methods of molecular dynamics and grid scoring.
Hideaki Umeyama
2nd CAPRI Evaluating Meeting PRELIMINARY PROGRAM p.30 2004年12月
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FAMSBASE: Modeling Database of 277 Genomes
Mitsuo Iwadate
Genome Informatics Poster Abstracts 159 - 160 2004年12月
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AUTOMATIC EXTRACTIOPN AND COMPARATIVE PROTEIN MODELING OF ADP/ATP CARRIER PROTEINS AND CA CARRIER/TRANSPORTER PROTEINS FROM ALL THE BIOLOGICAL SPECIES BY FAMS-LIGAND PROGRAM
Mayuko Takeda-Shitaka
International Symposium on Calcium in HEALTH and DISEASE BOOK OF ABSTRACTS 2 ( 1 ) 69 - 69 2004年7月
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Normal mode dynamics of the hel-hyhel-10 complex: antigen and antibody interaction is controlled by the constant domains
H. Umeyama, M. Takeda-Shitaka, M. Iwadate, M. Adachi
29th FEBS Congress 271 ( 1 ) p.92 2004年7月
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Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design.
Takeda-Shitaka
Chem Pharm Bull (Tokyo) 52 ( 5 ) 643 - 5 2004年5月
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Molecular characterization of ADAMTS13 gene mutations in Japanese patients with Upshaw-Schulman syndrome
M Matsumoto, K Kokame, K Soejima, M Miura, S Hayashi, Y Fujii, A Iwai, E Ito, Y Tsuji, M Takeda-Shitaka, M Iwadate, H Umeyama, H Yagi, H Ishizashi, F Banno, T Nakagaki, T Miyata, Y Fujimura
BLOOD 103 ( 4 ) 1305 - 1310 2004年2月
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記述言語：英語 出版者・発行元：AMER SOC HEMATOLOGY
We report here 7 new mutations in the ADAMTS13 gene responsible for Upshaw-Schulman syndrome (USS), a catastrophic phenotype of congenital thrombotic thrombocytopenic purpura, by analyzing 5 Japanese families. There were 3 mutations that occurred at exon-intron boundaries: 414+1G >A at intron 4, 686+1G >A at intron 6, and 1244+2T>G at intron 10 (numbered from the A of the initiation Met codon), and we confirmed that 2 of these mutations produced aberrantly spliced messenger RNAs (mRNAs). The remainIng 4 mutations were missense mutations: R193W, 1673F, C908Y, and R1123C. In expression experiments using HeLa cells, all mutants showed no or a marginal secretion of ADAMTS13. Taken together with the findings in our recent report we determined the responsible mutations in a total of 7 Japanese patients with USS with a uniform clinical picture of severe neonatal hyperbillrubinemia, and in their family members, based on ADAMTS13 gene analysis. Of these patients, 2 were homozygotes and 5 were compound heterozygotes. The parents of one homozygote were related (cousins), while those of the other were not. Molecular models of the metalloprotease, fifth domain of thrombospondin 1 (Tsp1-5), and Tsp1-8 domains of ADAMTS13 suggest that the missense mutations could cause structural defects in the mutants. (C) 2004 by The American Society of Hematology.
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FAMS and FAMSBASE for protein structure.
Umeyama H, Iwadate M
Curr Protoc Bioinformatics Chapter 5 ( Unit5.2 ) 2004年2月
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Searching protein-protein interaction sites and protein-protein doching with methods of molecular dynamics and grid scoring.
2nd CAPRI Evaluating Meeting PRELIMINARY PROGRAM 30 2004年
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Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design.
Chem Pharm Bull (Tokyo) 52 ( 5 ) 643 - 645 2004年
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Normal mode dynamics of the hel-hyhel-10 complex: antigen and antibody interaction is controlled by the constant domains
29th FEBS Congress 271 ( 1 ) 92 2004年
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AUTOMATIC EXTRACTIOPN AND COMPARATIVE PROTEIN MODELING OF ADP/ATP CARRIER PROTEINS AND CA CARRIER/TRANSPORTER PROTEINS FROM ALL THE BIOLOGICAL SPECIES BY FAMS-LIGAND PROGRAM
International Symposium on Calcium in HEALTH and DISEASE BOOK OF ABSTRACTS 2 ( 1 ) 69 - 69 2004年
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FAMSBASE: Modeling Database of 277 Genomes
Genome Informatics Poster Abstracts 2004年
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FAMSBASE: Modeling Database of 161 Genomes
Mitsuo Iwadate
Genome Informatics 14 ( 14 ) 647 - 648 2003年12月
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Current Protocols in Bioinformatics
Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate, Gregory A, Petsko編
FAMS and FAMSBASE for Protein Structure 5 ( 2 ) 1 - 16 2003年12月
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FAMS and FAMSBASE: highthroughput Protein Modeling and database
Hideaki Umeyama, Mistuo Iwadate, Mayuko Takeda-Shitaka
New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach p.27 2003年10月
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Evaluation of the third solvent clusters fitting procedure for the prediction of protein-protein interactions based on the results at the CAPRI blind docking study.
Komatsu K, Kurihara Y, Iwadate M, Takeda-Shitaka M, Umeyama H
Proteins. 52 ( 1 ) 8 - 15 2003年7月
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Evaluation of the third solvent clusters fitting procedure for the prediction of protein-protein interactions based on the results at the CAPRI blind docking study
K Komatsu, Y Kurihara, M Iwadate, M Takeda-Shitaka, H Umeyama
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS 52 ( 1 ) 15 - 18 2003年7月
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記述言語：英語 出版者・発行元：WILEY-LISS
To predict protein-protein interactions, rough or coarse handling for the induced fit problem is proposed. Our method involves the overlap of two hydrophobic interactions as "third solvent clusters fitting." Predictions for binding sites and geometric centers were acceptable, but those of the binding axes were poor. In this study, only the largest benzene cluster was used for the third solvent clusters fitting. For the next CAPRI targets, we must perform protein-protein interaction analyses, which include other smaller benzene clusters. (C) 2003 Wiley-Liss, Inc.
DOI： 10.1002/prot.10385
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Homology Modeling Server for CAFASP3 Contest, advanced FAMS for Proteins
Hideaki Umeyama, Mistuo Iwadate, Mayuko Takeda-Shitaka
HGM2003 Poster Abstracts Global Genomics 2003年4月
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Enlarged FAMSBASE: protein 3D structure models of genome sequences for 41 species
A Yamaguchi, M Iwadate, E Suzuki, K Yura, S Kawakita, H Umeyama, M Go
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31 ( 1 ) 463 - 468 2003年1月
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記述言語：英語 出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS
Enlarged FAMSBASE is a relational database of comparative protein structure models for the whole genome of 41 species, presented in the GTOP database. The models are calculated by Full Automatic Modeling System ( FAMS). Enlarged FAMSBASE provides a wide range of query keys, such as name of ORF ( open reading frame), ORF keywords, Protein Data Bank ( PDB) ID, PDB heterogen atoms and sequence similarity. Heterogen atoms in PDB include cofactors, ligands and other factors that interact with proteins, and are a good starting point for analyzing interactions between proteins and other molecules. The data may also work as a template for drug design. The present number of ORFs with protein 3D models in FAMSBASE is 183 805, and the database includes an average of three models for each ORF. FAMSBASE is available at http: / / famsbase. bio. nagoya- u. ac. jp/ famsbase/
DOI： 10.1093/nar/gkg117
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Enlarged FAMSBASE: protein 3D structure models of genome sequences for 41 species
A Yamaguchi, M Iwadate, E Suzuki, K Yura, S Kawakita, H Umeyama, M Go
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31 ( 1 ) 463 - 468 2003年1月
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記述言語：英語 出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS
Enlarged FAMSBASE is a relational database of comparative protein structure models for the whole genome of 41 species, presented in the GTOP database. The models are calculated by Full Automatic Modeling System ( FAMS). Enlarged FAMSBASE provides a wide range of query keys, such as name of ORF ( open reading frame), ORF keywords, Protein Data Bank ( PDB) ID, PDB heterogen atoms and sequence similarity. Heterogen atoms in PDB include cofactors, ligands and other factors that interact with proteins, and are a good starting point for analyzing interactions between proteins and other molecules. The data may also work as a template for drug design. The present number of ORFs with protein 3D models in FAMSBASE is 183 805, and the database includes an average of three models for each ORF. FAMSBASE is available at http: / / famsbase. bio. nagoya- u. ac. jp/ famsbase/
DOI： 10.1093/nar/gkg117
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FAMS and FAMSBASE: highthroughput Protein Modeling and database
New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach 27 2003年
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バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法（10頁）
岩舘満雄, 梅山秀明著, 中村保一, 磯合敦, 石川淳編
ＰＤＢ 2 ( 12 ) 89 - 98 2003年
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バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法
岩舘満雄, 梅山秀明著, 中村保一, 磯合敦, 石川淳編
ＦＡＭＳ 2 ( 13 ) 99 - 104 2003年
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Homology Modeling Server for CAFASP3 Contest, advanced FAMS for Proteins
HGM2003 Poster Abstracts Global Genomics Poster 10 2003年
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ゲノム創薬～合理的創薬からテーラーメード医療実現へ
岩舘満雄, 梅山秀明著, 田沼靖一編
タンパク質立体構造のホモロジーモデリング Ⅰ ( 3 ) 39 - 50 2003年
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Current Protocols in Bioinformatics
FAMS and FAMSBASE for Protein Structure 5 ( 2 ) 1 - 16 2003年
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FAMSBASE: Modeling Database of 161 Genomes
Genome Informatics 2003年
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生物物理
岩舘満雄, 梅山秀明
日本生物物理学会 42 ( 6 ) 2002年12月
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FAMS and FAMSBASE: Modeling of All the Genomes and Database
Mitsuo Iwadate, Shigetsugu Kawakita, Hideaki Umeyama
Genome Informatics ( 13 ) p.565,p.566 2002年12月
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ホモロジーモデリングの手法開発とゲノム機能推定
梅山秀明, 岩舘満雄
ゲノムニュース№4 pp.56-57s 2002年10月
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Modeling Database of GPCRs using FAMS
Mitsuo Iwadate, Shigetsugu Kawakita, Hideaki Umeyama
HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation 2002年4月
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The protein modeling of all the genes and the database
Hideaki Umeyama, Mistuo Iwadate
HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation 2002年4月
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Modeling Database of GPCRs using FAMS
HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation Poster 26 2002年
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FAMS and FAMSBASE: Modeling of All the Genomes and Database
Genome Informatics 2002年
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The protein modeling of all the genes and the database
HGM2002 Poster Abstracts Genome Informatics and Annotation Poster 56 2002年
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TOPICS、CASP4（第４回蛋白質立体構造予測評価広領域会議）に参加して
岩舘満雄
ファルマシア 37 ( 8 ) 2001年8月
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Automatic Protein Modeling Method to GPCRs
Iwadate M
G Protein-Coupled Receptor 2001年6月
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Pressure-dependent changes in the structure of the melittin alpha-helix determined by NMR.
Iwadate M
J Biomol NMR 19 ( 2 ) 115 - 24 2001年2月
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Interaction of mastoparan with membranes studied by 1H-NMR spectroscopy in detergent micelles and by solid-state 2H-NMR and 15N-NMR spectroscopy in oriented lipid bilayers.
Hori Y他
Eur J Biochem. 268 ( 2 ) 302 - 9 2001年1月
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Pressure-dependent changes in the structure of the melittin alpha-helix determined by NMR.
J Biomol NMR 19 ( 2 ) 115-24. 2001年
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Comparative Modeling of CAFASP2 Competition
Iwadate M, Ebisawa K, Umeyama H
Chem-Bio Informatics Journal ( 1 ) 136 - 148 2001年
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ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティクス
梅山秀明, 岩舘満雄著
実験医学増刊 19 ( 11 ) 180 - 184 2001年
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Automatic Protein Modeling Method to GPCRs
G Protein-Coupled Receptor 2001年
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Comparative Modeling of CAFASP2 Competition
Chem-Bio Informatics Journal ( 1 ) 136 - 148 2001年
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Interaction of mastoparan with membranes studied by 1H-NMR spectroscopy in detergent micelles and by solid-state 2H-NMR and 15N-NMR spectroscopy in oriented lipid bilayers.
Eur J Biochem. 268 ( 2 ) 302 - 309 2001年
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Structure determination of [Arg8]vasopressin methylenedithioether in dimethylsulfoxide using NMR.
Iwadate M
Eur J Biochem. 267 ( 14 ) 4504 - 10 2000年7月
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Structure determination of [Arg8]vasopressin methylenedithioether in dimethylsulfoxide using NMR.
Eur J Biochem. 267 ( 14 ) 4504 - 4510 2000年
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Solid phase synthesis and biological activities of [Arg8]-vasopressin methylenedithioether.
Ueki M他
Bioorg Med Chem Lett. 9 ( 13 ) 1767 - 72 1999年7月
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Solid phase synthesis and biological activities of [Arg(8)]-vasopressin methylenedithioether
M Ueki, T Ikeo, M Iwadate, T Asakura, MP Williamson, J Slaninova
BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS 9 ( 13 ) 1767 - 1772 1999年7月
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記述言語：英語 出版者・発行元：PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD
Solid phase synthesis of [Arg(8)]-vasopressin methylenedithioether, an analog of vasopressin which contains an extra methylene group between the two sulfur atoms of Cys(1) and Cys(6), is described. Methylene insertion occurred easily when the thiol free peptide on a solid support was treated with tetrabutylammonium fluoride in dichloromethane at room temperature for 3 h, The uterotonic in vitro, presser, and antidiuretic activities of the compound were reduced in comparison to [Arg(8)]-vasopressin by one order of magnitude, (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
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C alpha and C beta carbon-13 chemical shifts in proteins from an empirical database.
Iwadate M, Asakura T, Williamson MP
J Biomol NMR. 13 ( 3 ) 199 - 211 1999年3月
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Structural analysis of silk with 13C NMR chemical shift contour plots.
Asakura T, Iwadate M, Demura M, Williamson MP
Int J Biol Macromol. 24 ( 2-3 ) 167 - 71 1999年3月
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Structural analysis of silk with 13C NMR chemical shift contour plots.
Int J Biol Macromol. 24 ( 2/3 ) 167 - 171 1999年
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C alpha and C beta carbon-13 chemical shifts in proteins from an empirical database.
J Biomol NMR. 13 ( 3 ) 199 - 211 1999年
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The structure of the melittin tetramer at different temperatures--an NOE-based calculation with chemical shift refinement.
Iwadate M, Asakura T, Williamson MP
Eur J Biochem. 257 ( 2 ) 479 - 87 1998年10月
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Structure analysis of the melittin tetramer at different temperatures using Chemical Shifts and NOEs
Mitsuo Iwadate, Tetsuo Asakura, Michael P. Williamson
International Conferences on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS) 1998年8月
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Analysis of silk structure using 13C chemical shifts
Michael P. Williamson, Tetsuo Asakura, Mitsuo Iwadate
International Symposium on SILK and NMR 1998年8月
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Structure analysis of the melittin tetramer at different temperatures using Chemical Shifts and NOEs
International Conferences on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS) 1998年
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The structure of the melittin tetramer at different temperatures--an NOE-based calculation with chemical shift refinement.
Eur J Biochem. 257 ( 2 ) 479 - 487 1998年
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Analysis of silk structure using 13C chemical shifts
International Symposium on SILK and NMR 1998年
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Refinement of the Solution Structure of Neurokinin A (4-10) on the Basis of 1H NMR Chemical Shift Calculations
T. Asakura
Peptide Chem. 345 - 348 1996年
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Refinement of the Solution Structure of Neurokinin A (4-10) on the Basis of 1H NMR Chemical Shift Calculations
Peptide Chem. 345 - 348 1996年
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講演・口頭発表等
講演・口頭発表等
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構造予測関数とホモロジーモデリングシステムの構築
第9回国際バイオEXPO若手研究者発表大会 2010年
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タンパク質構造予測関数とホモロジーモデリングシステムの構築
第22回バイオ情報学研究発表会 2010年
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2006年CASP7コンテストにおける自動サーバによるタンパク質モデリング:日本、米国、欧州の実力
第34回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会構造活性相関部会 2006年
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RIEKN FAMSBASE
日本分子生物学会2006フォーラム 分子生物学の未来 要旨集,日本分子生物学会 2006年
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Template based and free modeling in CASP7
第7回GSICシンポジウム CASP7:タンパク質立体構造予測法の最先端技巧,東京工業大学 学術国際除法センター34回分子生物情報研究会 2006年
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277生物種立体構造データベースFAMSBASEと複合体情報を含んだWebインターフェース ASMI Complex
第7回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア,文部科学省科学研究費特定領域研究「統合ゲノム」 2005年
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３次元構造モデル評価を付加したヒトゲノムタンパク質立体構造データベース
第8回システムバイオロジー研究会,日本バイオインフォマティクス学会 システムバイオロジー研究会 2005年
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ヒト・ラット・マウスの高精度プロテオーム立体構造全自動モデリング・データベース・創薬
第33回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会構造活性相関部会 2005年
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ゲノム中の246生物種の立体構造データベースFAMSBASEとDNAマイクロアレイデータとの融合
第６回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア,文部科学省科学研究費特定領域研究「統合ゲノム」 2004年
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ゲノム規模のタンパク質立体構造モデル構築
フィジカルファーマフォーラム2004 要旨集,日本薬学会物理系薬学部会 2004年
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タンパク質立体構造モデリングツールPDFAMS Pro+
第一回東北大学バイオサイエンスシンポジウム,東北大学 2004年
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タンパク質立体構造モデリングツール PDFAMS Pro+によるモデルの解析
情報計算化学生物（CBI）学会2004年大会予稿集,情報計算化学生物（CBI）学会 2004年
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リガンドを含むタンパク質複合体の全自動モデリング法（FAMS Ligand & Complex）の開発
第31回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会構造活性相関部会 2003年
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Gタンパク結合受容体の立体構造データベースの構築
文部科学省科学研究費特定領域研究（Ｃ）「ゲノム情報科学の新展開」公開シンポジウム 要旨集,ゲノム情報科学領域代表者 高木利久 2002年
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全ゲノム遺伝子タンパク質モデリングとデータベース
第4回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア,文部科学省科学研究費特定領域研究「統合ゲノム」 2002年
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国際コンテストCASP4に参加して（２）:CASP4とCAFASP2におけるComparative ModelingとFold Recognition
タンパク質高次構造に基づくゲノム情報科学 第一回公開ワークショップ要旨集,文部科学省科学研究費特定領域研究（Ｃ）「ゲノム情報科学の新展開」項目D03代表者 郷 通子 2001年
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先端的蛋白質3次元構造モデリング:FAMS for CASP4 & CAFASP2
2001-1 ＮＭＲ研究会,高分子学会 2001年
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CASP4における北里大グループによるモデリング結果
第一回日本蛋白質科学会年会 プログラム要旨集,日本蛋白質科学会 2001年
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Gタンパク結合受容体のモデリングデータベース
情報計算化学生物（CBI）学会2001年大会予稿集,情報計算化学生物（CBI）学会 2001年
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Gタンパク質結合受容体（GPCR）のモデリングデータベース
第29回構造活性相関シンポジウム要旨集,日本薬学会医薬化学部会 2001年
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ラン藻プロテオームの立体構造データベース:FAMSBASE
第24回日本分子生物学会年会要旨集,日本分子生物学会年会事務局 2001年
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国際コンテストCASP4、CAFASP2におけるホモロジーモデリング
第24回日本分子生物学会年会要旨集,日本分子生物学会年会事務局 2001年
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1H NMR化学シフトを用いた生理活性ペプチドの立体構造解析
高分子年次会,高分子学会 2000年
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自動タンパク質ホモロジーモデリングシステム
情報計算化学生物（CBI）学会ミレニアムシンポジウム予稿集,情報計算化学生物（CBI）学会 2000年
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FAMSBASE:大腸菌および枯草菌の全ORFに対するホモロジー解析と自動モデリング法による蛋白質モデルデータベースの構築
第28回構造活性相関シンポジウム,日本薬学会医薬化学部会 2000年
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1H NMR化学シフト計算を導入した高圧下でのポリペプチドの構造決定
高分子年次会,高分子学会 1999年
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固体二次元スピン拡散NMRによる13Cラベル絹フィブロインおよびその化合物の構造解析
繊維学会年次大会シンポジウム,繊維学会 1998年
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タンパク質のNMR化学シフト-構造相関マップを利用した絹の構造解析
高分子討論会,高分子学会 1998年
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NMR化学シフト計算と化学シフトマップに基づくペプチド、タンパク質の構造解析
NMR討論会,NMR討論会 1998年
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ハチ毒ペプチド・メリチンの分子間会合構造の破壊に関する原子座標レベル1H NMR化学シフト計算
高分子年次会,高分子学会 1997年
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13C NMR化学シフト-立体構造相関の定量化とそれを用いたペプチド、タンパク質の構造決定
高分子年次会,高分子学会 1997年
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13C NMR化学シフト-立体構造相関の定量化とそのタンパク質遷移の構造決定への応用
繊維学会年次大会シンポジウム,繊維学会 1997年
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1H および13C NMR化学シフト評価によるペプチド・タンパク質の構造解析
高分子討論会,高分子学会 1997年
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両親媒性ペプチドの1H NMR構造解析
高分子討論会,高分子学会 1997年
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両親媒性ペプチドの重水素化SDS中でのNMR構造決定とイオンチャンネル機構の検討
高分子年次会,高分子学会 1996年
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リン脂質膜およびChannelペプチドの配向構造に関する固体・溶液NMR解析
高分子討論会,高分子学会 1996年
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NMR法によるオリゴペプチドホルモン、コレシストキニン類似体の溶液構造の決定
繊維連合研究発表会,繊維学会 1996年
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ガラスプレートを用いた再構成脂質二重層と導入された配向ペプチドの角度依存固体NMR構造解析
NMR討論会,NMR討論会 1996年
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ペプチド・タンパク質の構造解析のためのNMR化学シフト評価法の利用
NMR討論会,NMR討論会 1996年
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ミツバチ毒、メリチンの溶液NMR構造解析
繊維学会年次大会シンポジウム,繊維学会 1995年
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ミツバチ毒、メリチンの水溶液系でのNMR構造解析
高分子討論会,高分子学会 1995年
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受賞
受賞
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フィジカルファーマフォーラム2004 奨励賞
2004年
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CBIポスター賞
2001年
共同研究・競争的資金等の研究課題
共同研究・競争的資金等の研究課題
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タンパク質を始めとする生体分子の立体構造のその設計に関する研究
2008年 -
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